Nejcennější přírodní lokality jsou chráněny v maloplošných chráněných územích, přírodních památkách (PP) a přírodních rezervacích (PR). Nejcennějším územím CHKO Blanský les je národní přírodní rezervace (NPR) Vyšenské kopce. Podrobnější informace o jednotlivých územích, včetně plánů péče, najdete v Ústředním seznamu ochrany přírody.

NPR Vyšenské kopce – společenstva teplomilných rostlin a živočichů na vápencovém podkladě, trávníky, křoviny a lesy s přirozeným druhovým složením
​​​​​​PR Bořinka – hadcové bory a vegetace skalních štěrbin s ohroženými druhy rostlin (sleziník hadcový)
​​​​​​​PR Dívčí Kámen – reliktní bor s lišejníky na rulovém skalním ostrohu, teplomilné rostliny a ohrožené druhy hmyzu, hnízdiště výra velkého
​​​​​​​PR Holubovské hadce – hadcové bory a vegetace skalních štěrbin se sleziníkem hadcovým
​​​​​​​PR Chrášťanský vrch – květnaté bučiny a suťové lesy s měsíčnicí vytrvalou a s ptactvem vázaným na staré smíšené porosty
​​​​​​​PR Jaronínská bučina – přirozený podhorský smíšený les s významnou faunou bezobratlých a ptactvem vázaným na staré smíšené porosty
​​​​​​​PR Kleť – smíšený horský les s bučinami pralesovitého charakteru, druhově pestrá fauna bezobratlých i obratlovců, vázaných na přirozené smíšené porosty
​​​​​​​PR Malá skála – přirozené květnaté bučiny, vzácní pavouci a hmyz, skalní útvary
​​​​​​​PR Ptačí stěna – podhorské květnaté bučiny a suťové lesy s vegetací skalních štěrbin
​​​​​​​PR Vysoká Běta – přirozené květnaté bučiny a suťové lesy s měsíčnicí vytrvalou, bezobratlí a ptactvo vázané na listnaté porosty a sutě
​​​​​​​PP Cvičák – suché trávníky a křoviny na vápencovém podkladu a ohrožené druhy motýlů a ptáků
PP Dobročkovské hadce – niva Křemžského (Dobročkovského) potoka s přirozeně meandrujícím korytem, chráněné druhy vranka obecná a mihule potoční
​​​​​​​PP Hejdlovský potok – přirozený tok s pcháčovými loukami a ohroženými rostlinami (kýchavicí bílou, prstnatcem májovým a omějem pestrým)
PP Horní luka – podhorské louky a soustava pramenišť se vzácnými a ohroženými rostlinnými druhy (např. prstnatec Fuchsův, prstnatec májový)
PP Kalamandra – vápencová stráň s porosty křovin a trávníky s ohroženými druhy rostlin (např. sasanka lesní) a živočichů
PP Meandry Chvalšinského potoka – přirozený meandrující tok Chvalšinského potoka s břehovou vegetací a vlhkými ostřicovými loukami s výskytem vzácných rostlin a živočichů (mihule potoční, vranka obecná)
PP Mokřad u Borského rybníka – mokřad se vzácnými orchidejemi prstnatcem pleťovým a májovým
PP Na Stráži – bývalé pastviny s početnou populací vstavače kukačky
PP Provázková louka – vlhké rašelinné louky s chráněnými druhy rostlin (např. prstnatec májový, kosatec sibiřský, vrba rozmarýnolistá) a hmyzu (např. hnědásek rozrazilový)
PP Šimečkova stráň – suché trávníky na hadcích a břehové porosty Křemžského potoka
PP Výří vrch – obnažené vápencové skály, teplomilné trávníky a živočichové