V naprosté převaze se v CHKO Blaník nacházejí hnědé půdy (kambizemě). Půdy jsou kyselé, neboť podloží je tvořeno kyselými horninami. Orná půda zahrnuje necelých 2000 ha polí, dávajících dobrou úrodu. Pole jsou ohrožena vodní erozí, zvláště velké bloky na svazích.

V nivě řeky Blanice se vyskytují půdy podmáčené (oglejené). Jsou využívány jako louky a pastviny. Celkově dosahuje výměra luk a pastvin v CHKO Blaník necelých 500 ha. V údolích drobných toků a na prameništích najdeme zrašelinělé a glejové půdy. Vrstva rašeliny se pohybuje v rozmezí několika cm až desítek cm. Tato stanoviště jsou velmi cenná jak z hlediska bohatství druhů, tak z hlediska zachování vodního režimu krajiny.

Na Velkém a Malém Blaníku nacházíme mělké rankerové půdy. Na mělkých půdách se obtížně obnovuje les, jsou náchylné k erozi. Proto je důležité, aby se návštěvníci v těchto místech pohybovali po vyznačených cestách, aby nedocházelo k narušování půdy.