Z hlediska živočichů jsou na území chráněné krajinné oblasti nejcennější stanoviště vázaná na vodu, vodní toky, rybníky, tůně, mokřady apod. Pozoruhodná je fauna lesů, zejména drobní živočichové jako pavouci, brouci a plži.

V řece Blanici se vyskytují všechny tři druhy našich velevrubů (malířský, tupý i nadmutý), významné jsou početné populace kružníka severního, hodnoceného jako ohrožený v červeném seznamu (J. Farkač a kol. 1995) a hrachovky obrácené. Ze suchozemských plžů jsou významné citlivé lesní druhy, např. sklovatka rudá, hladovka horská, zuboústka sametová, vrkoč horský, vrásenka  pomezní, dále hrotice obrácená, vrkoč mnohozubý, vrkoč útlý apod. Zoogeograficky je zajímavý historický nález zemouna skalního, který se zde objevuje na severní hranici areálu.

  Mihule potoční


Průzkumy potvrdily bohatost pavoučí zvířeny (přes 200 druhů). Žije zde i jediný vodní druh pavouka – vodouch stříbřitý.

Vážky tekoucích vod zastupují klínatka obecná, klínatka vidlitá, klínatka rohatápáskovec kroužkovaný, u stojatých vod šídlatka hnědá, šidélko znamenané a evropsky významná vážka jasnoskvrnná.

Z významnějších druhů brouků se vyskytují střevlík Cychrus attenuatus, drabčík Quedinus maurus, mandelinky Plateumaris affinis, Cryptocephalus rufipes, nosatci Tanysphyrus maolskii, Nanophyes sahlbergi, Magdalis carbonaria. Pozoruhodný je nález dvou vzácných krasců - Agrilus convexicollis A. sinuatus.

Ze síťokřídlých zde žije mravkolev Euroleon nostrasstrumičník Osmylus fulvicephalus. K vzácným druhům blanokřídlého hmyzu patří drvodělka Xylocopa valga.

Z kruhoústých se vyskytuje mihule potoční v přítocích Blanice, z ryb se vyskytuje vedle běžných říčních a rybničních druhů např. bioindikačně významná vranka obecná.

Z obojživelníků, kterých je známo z CHKO Blaník celkem 11 druhů, jsou významné populace čolka obecného, rosničky zelenékuňky obecné na Malém Býkovickém rybníce nebo Částrovických rybnících. Vyskytuje se i skokan ostronosý a nově byla potvrzena blatnice skvrnitá.

  Zmije obecná


Z vzácnějších plazů se vyskytuje zmije obecná, ještěrka živorodáužovka hladká.

Z významnějších druhů ptáků na území chráněné krajinné oblasti hnízdí koroptev polní, křepelka polní, moták pochop, jestřáb lesní, sluka lesní, ořešník kropenatý, holub doupňák, kavka obecná, ledňáček říční, sýc rousný, kulíšek nejmenší, výr velký, linduška luční, rákosník proužkovaný. Na tahu lze zastihnout např. luňáka červeného, motáka lužního, dudka chocholatého, konipase lučního, moudivláčka lužního, bělořita šedého.

V CHKO Blaník žije 40 druhů savců. Ze zvláště chráněných druhů savců tu žije netopýr černý, netopýr velký, vydra říčníveverka obecná. Ostrůvkovitě zde žije hraboš mokřadní, vzácně myška drobná, pomístně rejsec černý.